A cura del Dott. Erminio Torresani, Direttore Laboratorio Analisi di Auxologico
Il Laboratorio di Analisi di Auxologico é impegnato da aprile 2020, insieme con altre strutture sanitarie, nella battaglia per la prevenzione delle infezioni da SARS-CoV-2 e la conseguente malattia Covid, per i degenti degli ospedali di Auxologico, per gli ospiti di diverse RSA e per l'utenza ambulatoriale.
Auxologico, infatti, fa parte della rete di laboratori lombardi autorizzati alla diagnostica in biologia molecolare per la ricerca di RNA, per la ricerca di antigene virale e per la specifica diagnostica sierologica.
Nel corso dei mesi, e attraverso le due punte epidemiche dell’autunno 2020 e della primavera 2021, il Laboratorio ha processato ogni giorno circa 500-600 tamponi con punte di oltre 900 tamponi eseguiti e con percentuali di positività che hanno raggiunto il 20-25%.
A fine giugno 2021 la situazione é migliorata, grazie alla campagna vaccinale e alle misure di contenimento adottate, e il numero di tamponi che quotidianamente pervengono al Laboratorio é dell’ordine dei 300-400 con un tasso di positività anche inferiore all’1%,che, alla fine del mese di luglio si sta portando oltre il 4 – 5%.
IL PROBLEMA DELLE VARIANTI
Negli ultimi mesi del 2020 si è notato che alcune delle mutazioni e variazioni fisiologiche del genoma virale hanno determinato dei cluster di infezioni, a partire principalmente dall’Inghilterra. La cosiddetta “variante inglese” si é diffusa anche in Italia, accompagnata successivamente da altre varianti comparse inizialmente in Brasile, Sud Africa, Nigeria e India.
L’organizzazione Mondiale della Sanità ha classificato le varianti del virus in categorie di “preoccupazione” (VOC - Variants of Concern), di “interesse” (VOI – Variants of Interest) e di “monitoraggio” (VUM – Variants Under Monitoring) attribuendo loro delle sigle con le lettere dell’alfabeto greco.
Per ricordare quelle che al momento sono le principali V.O.C. e V.O.I.:
Sigla WHO Denominazione comune di primo isolamento
Alfa UK
Beta Sud Africa
Gamma Brasile
Delta India
Eta Nigeria
Epsilon USA
Theta Filippine
Omicron Botswana
Il Ministero della Salute, attraverso l’Istituto Superiore di Sanità, ha quindi chiesto alle Regioni di attivare reti di Laboratori in possesso di apparecchiature idonee e di specifiche competenze professionali per ampliare l’attività di sequenziamento del genoma virale, cioè della ricerca e identificazione delle specifiche varianti del virus.
COSA SONO LA GENOTIPIZZAZIONE E IL SEQUENZIAMENTO?
La genotipizzazione virale, che può essere effettuata in caso di positività al tampone molecolare é un'indagine i cui esiti rivestono un'importanza epidemiologica e non tanto diagnostica in quanto quest’ultimo aspetto é già assolto dalla positività dell’esito del tampone.
La tipizzazione genomica del virus avviene tramite tecniche di sequenziamento dell’acido nucleico (in questo caso RNA) consiste nella lettura del codice genetico e nella ricerca e individuazione di variazioni (mutazioni) rispetto al codice originario.
Si tratta di un’indagine delicata e costosa che viene utilizzata per studiare i microrganismi e nell’ambito della genetica umana, un’analisi che richiede competenze professionali specialistiche ed esperienza nel campo.
Il Laboratorio di Auxologico fa parte della Rete Lombarda per l’attività di genotipizzazione (studio della diversità genetica) e procede alla tipizzazione di tutti i casi positivi che abbiano le caratteristiche indicate da ISS per renderli candidati all’approfondimento.
LA SITUAZIONE ATTUALE (30 LUGLIO 2021)
Negli ultimi mesi il Laboratorio di Auxologico ha proceduto a numerose indagini su campioni positivi che hanno portato all’individuazione prevalentemente della variante inglese (variante alfa), che nel frattempo in Italia é divenuta responsabile dell’ 85-88% circa dei casi di infezione.
A giugno 2021 abbiamo individuato la variante Delta (indiana) in 3 casi, variante che é cominciata a comparire in modo significativo anche negli isolamenti degli altri Laboratori della rete.
La situazione epidemiologica a livello locale e nazionale viene monitorata dall’Istituto Superiore di Sanità con una verifica periodica, alla quale partecipa anche il Laboratorio di Auxologico.
A fronte della necessità di aumentare il grado di sorveglianza nei confronti della circolazione delle varianti, il Ministero, e conseguentemente la Regione Lombardia, hanno disposto affinché, da metà giugno 2021, tutti i casi di positività vengano sottoposti a genotipizzazione, con la previsione di un sensibile aumento dei sequenziamenti e di un tracciamento generale più efficace.
Nel frattempo i risultati relativi alle ultime indagini di sorveglianza condotte dall’Istituto Superiore di Sanità a fine giugno e a fine luglio (alle quali il Laboratorio di Auxologico partecipa) hanno evidenziato un mutamento del quadro precedente con una prevalenza delle due principali varianti di circa il 44% Alfa e il 38% Delta a giugno e successivamente nel mese di luglio la situazione si è ulteriormente modificata con circa il 2% Alfa e il 94% a favore della variante Delta.
LA RICERCA DELLE VARIANTI DEL VIRUS
Su indicazione del Ministero della Salute i campioni positivi per RNA di SARS-CoV-2 di alcune categorie di pazienti vengono candidati alla ricerca di eventuali varianti del virus.
La modalità di scelta dei campioni sono oggetto di specifiche indicazioni che vanno dalla ricerca random alla indagine su soggetti vaccinati o di ritorno da zone ad alta incidenza o appartenenti a specifici focali di infezione. Le indicazioni ministeriali, peraltro, sono oggetto di continui aggiornamenti in base al mutare della situazione epidemiologica.
In Regione Lombardia attualmente, e fino a diverse indicazioni, tutti i campioni positivi, sono candidati alla genotipizzazione.
Il sequenziamento dell’RNA virale é una tecnica delicata che richiede tempi non brevi per la sua esecuzione. Il campione da sequenziare inoltre deve possedere delle specifiche caratteristiche di “contenuto virale” che ne permettano l’esecuzione a scapito di “fallimenti analitici”.
In caso di esiti favorevoli dell’indagine il risultato viene inviato alla Regione e all’Istituto Superiore di Sanità.
In Auxologico il referto é reso disponibile a integrazione del precedente referto di positività sia nel Dossier personale che nel FSE.
L'assenza di tale integrazione al referto, significa che il campione non aveva le caratteristiche tecniche richieste e quindi non é stato possibile effettuare l’indagine di genotipizzazione.
ANALISI DI LABORATORIO DI AUXOLOGICO
Presso i Punti Prelievo di Auxologico è possibile effettuare, senza prenotazione:
- oltre 1000 tipologie di esami del sangue, delle urine e di altri campioni biologici;
- in tempi rapidi (24 ore per le analisi più richieste);
- anche la domenica mattina nella sede Auxologico Procaccini.
Oltre alle analisi di base, il Laboratorio di Analisi Cliniche di Auxologico è in grado di offrire indagini specialistiche nell’ambito della biochimica clinica, dell’ematologia e immunoematologia, della microbiologia e virologia, della citogenetica e genetica molecolare, dell’anatomia patologica.
Il Laboratorio è dotato di apparecchiature di avanguardia ed esegue per ogni parametro numerosi controlli di qualità necessari per validare la seduta analitica.
Articolo realizzato il giorno 28/06/2021, aggiornato il 02/08/2021.
